Installatie

Het rekenprogramma dolfyn bestaat uit een voorloopprogramma (preprocessor) en het feitelijke rekenprogramma (dolfyn). Beide programma's dienen gecompileerd te worden.

De conventie op deze pagina is: rood de commando's zoals u ze intypt ('$' is de commandline prompt), in blauw de (mogelijke) uitvoer van de programma's.

Deze pagina heeft de volgende secties:
1. Download
2a. Installeren van de software (Unix/Linux)
2b. Simulatie uitvoeren (Unix/Linux)
2c. Binaries van de software (Linux)
3a. Compileren van de software (Windows)
3b. Binaries van de software (Windows)
3c. Binaries en compileren van de software (Windows XP/Vista/Win7)
3d. Werkwijze onder Windows XP, Vista, Win7

1. Download

Download het volgende bestand (stand december 2007):

of de laatste ontwikkelversie (stand april 2009):

2a. Installeren van de software (Unix/Linux)

Pak het bestand uit:

$ tar xvozf dolfyn_dec2007a.tgz
LICENSE
NOTICE
artificial.f90
collectcells.f90
diffschemes.f90
dolfyn.f90
gmsh.f90
gmv.f90
gradients.f90
initialfield.f90
modules.f90
opendx.f90
particles.f90
patches.f90
patchscalars.f90
preprocessor.f90
readcontrolfile1.f90
readcontrolfile2.f90
saverestart.f90
solverinterface.f90
tecplt.f90
tools.f90
user.f90
vtk.f90
watches.f90
lapacks.f
solver_sparsekit2.f
Makefile
Changelog
$

De volgende bestanden zijn er nu:

Het voorloopprogramma compileert u door bijvoorbeeld:

$ f95 -o preprocessor preprocessor.f90
$

Vervolgens past u de Makefile voor dolfyn aan; de namen van de compilers en eventueel de opties (pas op! in Makefile's hebben tab's een belangrijke betekenis!). Bijvoorbeeld met Intel's ifc:

F77 = ifc
F77Opt = -O2
F95 = ifc
F95Opt =
F95Lib =

Tot slot compileren met:

$ make dolfyn
$

De programma's 'dolfyn' en 'preprocessor' zijn gereed voor gebruik.

2b. Het uitvoeren van een simulatie met behulp van de demo-bestanden (Unix/Linux)

Download het volgende bestand:

Pak het bestand uit:

$ tar xvozf demo_sep2005.tgz
demo.bnd
demo.cel
demo.cfg
demo.din
demo.net
demo.vrt
$

De volgende bestanden zijn er nu:

Er dient nu eerst een geometrie-bestand 'demo.geo' gemaakt te worden door middel van:

$ preprocessor
Dolfyn PreProcessor
Input casename:
demo
Using demo as input
Opening demo.dbg
File demo.dbg opened
Opening vertex file
Opening demo.vrt
File demo.vrt opened
Initialise vertex list
.
.
.
Setting up boundary list: 2140
Total number of boundaries: 4140
Default boundaries: 2000
Assigned boundaries: 2140
Done reading geometry
Minimum distance to a wall: 2.4999976E-02
Maximum distance to a wall: 0.1000004
Minimum wall angle (degs) : 0.0000000E+00
Maximum wall angle (degs) : 0.0000000E+00
Enter scaling factor (1.0):
1.0
Using: 1.000000
Enter format of geometry file (bin|ascii):
bin
Dump geometry file
Opening demo.geo
File demo.geo opened
$


Het resultaat is de inputfile voor dolfyn 'demo.geo'.

Vervolgens kan het stuurbestand 'demo.din' aangepast worden (gebruik een gewone ascii-editor):

$ nedit demo.din &
$

Nu kan dolfyn gestart worden:

$ dolfyn
This is dolfyn version 0.300
Copyright(C) 2002-2005 Cyclone Fluid Dynamics BV
NL-5583 XM, Waalre, The Netherlands
Enter case:
demo
Using case: demo
demo.geo binary
Opening geometry file
*** Warning: Geometry file of version: 0.200
Maximum region number found: 6
Geometry checks
Angles: 0.0000000E+00 0.0000000E+00 0
End reading geometry
Boundary 1 inlet conditions
Boundary 2 outlet conditions
Boundary 3 sym. conditions
Boundary 4 wall conditions
Boundary 5 sym. conditions
Boundary 6 wall conditions
Boundary 4 sym. conditions
Boundary 6 sym. conditions
Boundary 0 sym. conditions
End of input deck


-------------------------------------------------------
Case : demo
Title : Demo test run
Date and time : 09/26/2005 (15:25)
Number of cells : 1000
Number of vertices : 2146
Number of boundaries : 2140
Number of faces : 4070
Number of regions : 6
-------------------------------------------------------
Number of iterations : 200
Steady state run
Target residual tol. : 2.000E-06
Monitor cell : 1
Pressure ref. cell : 1
Reference pressure : 0.000E+00 Pa
Reference density : 1.200E+00 kg/m3
Molecular viscosity : 1.000E-04 Pa s
Gravity vector : 0.000E+00 0.000E+00 0.000E+00
-------------------------------------------------------
V SCV gamma urf rtol guess
U: TTF 5.000E-01 7.000E-01 1.000E-01 1.000E+00
V: TTF 5.000E-01 7.000E-01 1.000E-01 0.000E+00
W: FTF 5.000E-01 7.000E-01 1.000E-01 0.000E+00
P: TTF 0.000E+00 2.000E-01 5.000E-02 0.000E+00
k: TTF 0.000E+00 5.000E-01 1.000E-01 0.000E+00
e: TTF 0.000E+00 5.000E-01 1.000E-01 0.000E+00
T: FTF 0.000E+00 5.000E-01 1.000E-01 2.930E+02
S: FTF 0.000E+00 5.000E-01 1.000E-01 0.000E+00

.
.
.
Go!

1: 2.50E-06 7.09E-09 0.00E+00 1.58E-06 ...
2: 2.48E-06 3.15E-08 0.00E+00 1.56E-06 ...
3: 2.47E-06 2.40E-08 0.00E+00 1.53E-06 ...
.
.
.
Done
$

De berekeningsresultaten van dolfyn staan nu in 'demo.odx'. Tot slot kan bijvoorbeeld OpenDX gestart worden om de uitvoer te bekijken met (laad in OpenDX het 'netwerk' 'demo.net'):

$ dx&
$

Tot slot een samenvatting van de bestanden en hun relatie:

fig
Veel plezier!

Men kan uiteraard ook eigen problemen simuleren.

Dit houdt in dat men de geometriegegevens beschikbaar moet maken in de drie eerder genoemde files naam.cel, naam.vrt, en naam.bnd, waarbij naam de naam is die u aan de files hebt toegekend. Ook de file 'demo.din' moeten worden aangepast en deze moeten eveneens de naam naam krijgen.

De resultaten files krijgen respectievelijk de naam naam.geo (uit de preprocessor) en naam.odx als het resultaat van de simulatie(s).

De files 'demo.cfg' en 'demo.net' zijn resp. een configuratie en netwerk bestand van OpenDX. U kunt een netwerk aanpassen en een eigen naam geven of een geheel nieuw netwerk opbouwen. In een OpenDX netwerk roept u naam.odx op en alle benodigde de gegevens worden daaruit gelezen. Zie www.opendx.org voor voorbeelden en toepassingen.

Waarschuwing! U dient te weten wat U doet. De programma's en bestanden zijn 'as is'. De software en bestanden zijn er om U een indruk te geven zonder enige garantie van wat voor aard dan ook. Bijbehorende documentatie is (nog) niet aanwezig.

Alle op deze pagina's beschreven programma's en gegevens zijn in volle ontwikkeling. Aanpassingen en veranderingen zijn niet uitgesloten, sterker nog, worden verwacht.

2c. Binaries van de software (Linux)

Voor een snelle start zijn hieronder twee binaries toegevoegd voor diegene die (nog) geen beschikking heeft over een Fortran 95 compiler. De binaries zijn gemaakt op een SuSE GNU/Linux 9.0 systeem met behulp van de Intel compiler (ifc 7.1, sep. 2004, non-shared libs) (wel even uitpakken met behulp van gunzip):

3a. Compileren van de software (Windows)

Met dank aan Jos van Heck en Peter van de Velde voor deze sectie.

Allereerst moeten de bestanden na het downloaden uitgepakt worden. Dat gaat het handigst met winzip. (Een evaluatieversie kunt U hier downloaden). Plaats de bestanden in een aparte directory. Hier hebben we daarvoor D:\dolfyn gebruikt maar in principe maakt dat niet uit.

Het compileren wordt gedemonstreerd met een dolfyn versie uit maart 2004. De huidige versie heeft meer bronbestanden maar het principe blijft gelijk. Er is gebruik gemaakt van de Compaq Visual Fortran 6.1.0 Professional Edition compiler. Deze compiler kunt U hier bestellen. Er zijn natuurlijk meerdere Fortran compilers (zoals bijvoorbeeld van Intel of Absoft, beiden met gratis evaluatieversie); het compileren zal in grote lijnen op dezelfde manier gaan.

Na het installeren van de Fortran compiler wordt deze opgestart. Kies New --> Project. Onder het tabblad projects, kies Fortran Console application uit de lijst, vul dolfyn in voor de projectname en kies een locatie voor de bestanden. Klik op OK

fig

Er verschijnt een dialoogvenster met de vraag wat voor project we willen hebben. Dit is een soort wizard die een blok standaardcode genereert. Dat hebben wij niet nodig, kies An empty project en klik op Finish

fig

Er komt nu nog een dialoogvenster met een samenvatting van de gemaakte keuzes. Klik op OK

fig

In het linkerveld van de compiler verschijnt nu de projectstructuur. Kies het tabblad FileView en klik met de rechtermuisknop op Source Files in het mapje dolfyn Files. Kies Add Files to Folder ... uit het contextmenu.

fig

Kies uit de Files of type menu Fortran Source Files en ga naar de map waar de dolfynbestanden uitgepakt zijn. Selecteer nu de *.f en *.f90 bronbestanden van dolfyn. Let er op dat het bronbestand van de preprocessor niet geselecteerd wordt; dit moeten we in een apart project compileren. In onderstaande figuur staan de bestanden van een versie uit maart 2004. Het is natuurlijk mogelijk dat latere versies uit meerdere bronbestanden bestaan, die moeten dan ook geselecteerd worden. Klik op OK

fig

Nu komt het echte werk. Druk op F7 of kies uit het Build menu Build dolfyn.exe

fig

In het onderste deel van het hoofdvenster verschijnen nu de meldingen. Als alles goed is wordt afgesloten met de melding dolfyn.exe - 0 error(s), 0 warning(s).

fig

Verschuif of kopieer het bestand dolfyn.exe in het mapje debug onder de compiler-projectmap van dolfyn naar de werkdirectory waar de invoer staat.

Dezelfde procedure moet nu herhaald worden voor de preprocessor. Maak een NIEUW compiler project preprocessor aan en ga op dezelfde manier te werk. Verschuif of kopieer het resultaat preprocessor.exe weer naar de werkdirectory met de invoer.

Open een DOS commandwindow (win 9x/ME: Start --> Programs --> MS-DOS prompt; Win XP: Start --> Programs --> Accessories --> Command Prompt) en ga met cd naar de desbetreffende werkdirectory. We kunnen nu een simulatie uitvoeren volgens de hierboven beschreven procedure.

Waarschuwing! U dient te weten wat U doet. De programma's en bestanden zijn 'as is'. De software en bestanden zijn er om U een indruk te geven zonder enige garantie van wat voor aard dan ook. Bijbehorende documentatie is (nog) niet aanwezig.

Alle op deze pagina's beschreven programma's en gegevens zijn in volle ontwikkeling. Aanpassingen en veranderingen zijn niet uitgesloten, sterker nog, worden verwacht.

3b. Binaries van de software (Windows)

Met dank aan Jos van Heck en Peter van de Velde ook voor deze sectie.

De versie van september 2004 staat hier klaar voor diegene zonder Fortran compiler(s):

De versie van december 2004 voor Windows/Cygwin gebruikers (gecompileerd met g95 onder Cygwin, en met VTK-interface):

Met dank aan Bouke Tuinstra voor de versie van december 2005 voor Windows gebruikers (gecompileerd met Microsoft/Digital/Compaq/HP Fortran 6.5):

Screenshots van de 2004 Cygwin-versie:

OpenDX ParaView VisIt
OpenDXParaViewVisIt

3c. Binaries en compileren van de software (Windows XP/Vista/Win7)

De versie van december 2007 (gecompileerd met g95-MinGW onder Windows Vista) staat hier klaar voor diegene zonder Fortran compiler(s):

of de laatste ontwikkelversie:

en voor gmsh en tetraedra (met gfortran):

Gecompileerd met MinGWw32 en gcc/gfortran 4.6.1 op een Win7 x64 systeem:

Zelf compileren onder Vista met behulp van g95 (onder XP/Win7 is de procedure identiek):

figg95

Download het dolfyn-bestand (stand december 2007) en plaats de inhoud bijvoorbeeld in 'Documents\dolfyn' (pas de paden in de twee batch bestanden aan uw eigen situatie aan!):

Open een DOS commandwindow ( Win XP of Vista: Start --> Programs --> Accessories --> Command Prompt) en ga met cd naar de folder met de broncode van dolfyn. Voer als eerste 'setpaths.bat' uit en vervolgens compileren met 'compile.bat'.

figcompile

Download de demobestanden en plaats de inhoud bijvoorbeeld in 'Documents\demo':

cd naar de desbetreffende werkdirectory. We kunnen nu een simulatie uitvoeren volgens de hierboven beschreven procedure. Als eerste een geometrie-bestand 'demo.geo' met behulp van de preprocessor ("..\dolfyn\preprocessor.exe"):

figprep

Vervolgens kan dolfyn gestart worden("..\dolfyn\dolfyn.exe"):

figdolfyn1

Na verloop van tijd is de berekening klaar:

figdolfyn2

Start ParaView en laad 'demo.vtk':

figparaview1

En bekijk het resultaat:

figparaview2

3d. Werkwijze onder Windows XP en Vista

Met dank aan Peet Franken voor deze sectie.

Zodra de benodige software (gecompileerd en) geinstalleerd is kan dolfyn 'aangemeld' bij Windows.

Stap 1. Zorg dat alle benodigde invoerbestanden (bijvoorbeeld 'demo.vrt', 'demo.cel', 'demo.bnd' en 'demo.din') in een folder staan. Gebruik een passende naam zoals 'werkmap'.

figxp1

Stap 2. Kopieer beide programma's, zowel "preprocessor" als "dolfyn", naar deze folder.

figxp2

Stap 3. Dubbelklik op "preprocessor":

figxp3

De file "demo.geo" wordt gemaakt.

figxp4

Stap 4. Dubbelklik op "dolfyn":

De berekening wordt gestart.

figxp5

Vervolgens zijn er resultaten.

figxp6

Instellen van de "DOS box" onder Windows XP en Vista

Start dolfyn.

Klik met de rechtermuisknop op de blauwe balk en vervolgens op eigenschappen:

dosbox1

Open het tabblad "indeling":

dosbox2

Wijzig de breedte van buffer en venster bijvoorbeeld in 132. Pas de hoogte in de schermbufferhoogte aan aan de persoonlijke wensen, bijvoorbeeld 500:

dosbox3

Klik op OK.

Naar keuze kan men deze eigenschappen tijdelijk van toepassing laten zijn of deze permanent verbinden aan het proces dolfyn. In het laatste geval moet "Eigenschappen opslaan ..." worden aangevinkt. Overigens is dit alleen van toepassing op de uitvoering als het programma in dezelfde (werk)directory wordt opgestart als waarin dat de instellingen gewijzigd zijn.

dosbox4



Cyclone www.dolfyn.net